Allergieën ontstaan wanneer het immuunsysteem overreageert op stoffen die normaal gesproken onschadelijk zijn, zoals pollen, huisstofmijt of huidschilfers van dieren. Deze stoffen, allergenen genaamd, worden door het immuunsysteem gezien als bedreigingen. Dit veroorzaakt een reeks reacties in het lichaam die leiden tot de bekende symptomen van een allergische reactie.
Het immuunsysteem is als een leger dat ons lichaam beschermt tegen indringers zoals bacteriën en virussen. Wanneer het immuunsysteem een allergeen detecteert, produceert het antilichamen, specifiek IgE-antilichamen, die zich binden aan, onder andere, mestcellen. Deze mestcellen zwemmen nu rond in het lichaam, en kunnen het allergeen herkennen. Dit proces heet sensibilisatie.
Het eerste contact wil niet noodzakelijk zeggen dat er nu een allergie ontwikkeld is. Bij de meeste mensen leidt zo'n contact tot tolerantie. Dat betekent dat het afweersysteem bij elk volgend contact met het betreffende allergeen niet zal reageren; het beschouwt dit allergeen als volkomen onschadelijk. Bij mensen die wél een allergie ontwikkeld hebben door dit eerste contact, zal bij een tweede blootstelling aan hetzelfde allergeen een reactie optreden. De aangemaakte IgE antilichamen hechten zich opnieuw aan het allergeen, waardoor de mestcellen heel snel histamine en andere stoffen kunnen vrijgeven. Dit proces veroorzaakt ontstekingen en symptomen zoals niezen, jeuk en benauwdheid.